Pokémon Smeraldo è la versione potenziata di Rubino e Zaffiro, con entrambi Groudon e Kyogre nella trama, una Zona Safari ampliata e la Zona Lotta - una struttura post-game impegnativa con sette diversi formati di lotta. Il gioco ha anche introdotto sprite animati dei Pokémon durante le battaglie.
La prova definitiva per gli allenatori Pokémon con sette strutture di lotta uniche:
Lotte standard con difficoltà crescente
Lotte in stile torneo
Lotte con Pokémon in prestito
I Pokémon scelgono le loro mosse
Giudicati sulla performance
Sfide randomizzate
Sfida di esplorazione